杏吧 是学校最早成立的二级杏吧 之一。1958年，就成立了相应的基础学科教研组。1984年4月成立基础部、基础部总支，辖体育、物理、化学、数学、生物、人体解剖学等16个教研室。1989年3月，增设基础部办公室，负责基础部日常事务。2000年1月，组建基础杏吧 。增设辅导员办公室和基础杏吧 分团委。2002年12月，基础杏吧 、第一临床杏吧 、第二临床杏吧 、儿科临床杏吧 组建成临床医学部，下设第一临床杏吧 、第二临床杏吧 、基础杏吧 。2004年6月，临床医学部易名为医学部，教学办公室和杏吧 办公室合并为综合办公室，新成立的校级机能实验教学中心（副处级）挂靠医学部管理，其他机构不变。2005年9月，临床杏吧 与基础杏吧 分离。基础杏吧 更名为杏吧 ，下设综合办公室、学生工作办公室；机能实验中心继续托管与杏吧 。2016年9月起，杏吧 下设办公室、教学办公室、学科建设与研究生工作办公室；机能实验中心仍挂靠杏吧 。2024年，恢复设置杏吧 学生工作办公室（团委），杏吧 下设办公室、教学办公室、学科建设与研究生工作办公室和学生工作办公室（团委）。